由于大肠杆菌病是条件性疾病，该病的发生与外界各种应激因素有关。所以防治的原则首先是改善饲养环境，加强饲养管理，落实卫生防疫措施，减少各种诱发因素。
大肠杆菌易对药物产生抗药性，因此在临床治疗时最好先进行药敏试验。在不具备做药敏试验的情况下，最好选用过去很少用过的高敏感药物进行全群治疗。交替用药，给药时间要及时，早发早治疗可控制感染的病鸡，促使痊愈；同时可防止新发病鸡的出现和原来的病鸡再继发感染其它病。
育雏期应保持舍内的温度，防止空气及饮水的污染，定期用消毒剂进行鸡舍的带鸡消毒，同时在育雏饲料中适当添加高敏感的抗生素有利于控制本病的爆发。