鸡急性溃疡肠炎病例的典型病变为十二指肠出血性肠炎。整个肠道浆膜面上可见到许多小出血点。
发病几天后耐过的病鸡，剖检可见多处炎症病灶，以及坏死和溃疡灶遍布整个小肠和言肠段。病变早期的典型特征为，从肠管外（浆膜面）和肠管内（粘膜面）均可看到黄色小出血灶，并与周边组织界限分明，随着溃疡病灶扩大，出血边界逐渐消失。溃疡灶呈枣核状或略呈圆形，有的融合成大的坏死灶，上覆盖一层假膜。在小肠前段枣核状坏死灶多见。溃疡灶一般在粘膜深处，随着病程的延长，溃疡灶波及粘膜表面，此时溃疡灶边缘隆起。盲肠溃疡灶的中央下陷，附着一层黑色伪膜，难以洗脱。溃疡灶常导致肠壁穿孔，诱发腹膜炎和肠管粘连。病鸡肝脏边缘有淡色条纹及大面积不规则黄色区域，还可见到散在的灰色病灶，黄色圆形小病灶，有时在病灶周边还有一圈淡黄色的晕。脾淤血、肿大、出血。其他脏器很少见到病理变化。