病人与无症状感染者隐孢子虫病患者的粪便和呕吐物中含大量卵囊，多数患者在症状消退后仍有卵囊排出，可持续几天甚至数周，这是主要的传染源。健康人群的带虫率很低，多见于与病人密切接触者和各种原因引起的隐孢子虫病暴发流行的人群中。有研究报道在免疫功能正常而无腹泻症状的胃肠道患者的十二指肠引流物中发现了隐孢子虫卵囊，但仅在不到一半的患者的粪便中查到卵囊，说明无症状的带虫者是存在的。健康带虫者和症状消失后恢复期带虫者也是重要的传染源。
动物宿主交叉试验证实，牛、羊、猫、犬和兔等动物的隐孢子虫亦可感染人。有研究表明牛、猪、犬等动物是畜牧地区和农村地区的重要动物源性传染源。