内环境是指孵化器内部的环境。
1、保温
秋季孵化容易出现的问题是整齐度下降，而孵化器不保温有缝隙，容易造成机器内部温度不均匀，从而导致出鸡整齐度下降。因此，做好保温工作是提高出鸡整齐度的重点。保温工作要按照四个到位的方法，将每台孵化器责任到人，定期查保温情况，厅长定期检查激励。
2、水温
孵化器内的热量一部分来源于水温管或电温管，另一部分来源于胚蛋自温。现在孵化厅大多采用水温孵化，因此水温的控制对于温度的保证显得尤为重要。水温虽然可以降低成本，但水温的温度及稳定性直接影响到孵化器的状态。因而根据天气的变化情况确定水温的温度以及稳定性成为秋季孵化的关注重点。