遵循消毒“三步曲”原则：清扫、冲洗、消毒。
1、方式：
①物理消毒：高温、干燥、紫外线、火烤等。
②化学消毒：喷淋、熏蒸、饮水、拌料、浸泡、涂刷等。
2、步骤：
①彻底清扫消毒物表面的有机物：剩余的饲料、粪便、羽毛、都会阻隔消毒药作用的发挥，严重影响消毒效果。例如：有一块鸡粪在地面，经过消毒后，地面的含菌量大大降低，甚至无菌，但是把这块鸡粪清除后，那块地面仍然与没消毒一样，可见表面洁净的重要。
②彻底冲洗被消毒物表面：再次将细小的停留在被消毒物表面的有机物清除，以保证消毒效果。
③消毒用水对消毒的影响：水有碱性、酸性、（酸碱度）、消毒药的酸碱性一定要与所用水的酸碱性一致，就会起到事半功倍的效果，反之，效果差，甚至无效。
④温度、湿度对消毒的影响：消毒是需要温度、湿度来保证效果的充分发挥，不同的消毒药，对温度、湿度的要求不同，一般养殖使用的消毒药要求环境温度（药物不能加热时）在20～24℃，相对湿度60％以上。例如：用福尔马林、高锰酸钾进行熏蒸消毒时，如果温度、湿度达不到上述标准，这个化学反应不充分，蘑菇云窜得不高，烟雾势力小，容器内还有剩余的高锰酸钾未反应，除了浪费药物，效果还不理想。
⑤洁净的环境是消毒的保障：任何不洁净的物体，环境会直接影响消毒效果。