寄生虫如球虫、绦虫、蛔虫等都会造成肠道黏膜上皮的损伤，从而导致营养物质未经消化就随粪便排出，引起消化不良。有的细菌性肠炎和小肠球虫病混合感染，但易被后者所掩盖;有的单独发病，如梭菌、绿脓杆菌、大肠杆菌等都会引起上皮细胞损坏甚至脱落，使小肠绒毛消化吸收能力下降，从而引起消化不良。病毒感染许多病毒感染都会导致肉鸡发生消化不良，如呼肠弧病毒、腺病毒、轮状病毒等。
肉鸡饲料消化不良是个复杂的过程，必须仔细观察，临床上是多种病因造成的，并不是简单的饲料、药物问题。
很多肉鸡养殖厂经常出现肉鸡消化不良的现象，原因有很多，主要是疾病原因。